«Атырау облыстық дарынды балаларға арналған интернаттық мекемесі бар қазақ-түрік лицейі» мемлекеттік мекемесі Атырау облысы әкімінің 1993 жылғы 6 тамыздағы №237 шешімімен құрылған. 2003 жылғы 17 наурыздағы Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрлігі мен «KATEV» халықаралық қоғамдық қоры арасындағы «Білім беру саласындағы ынтымақтастық туралы келісім» негізінде қызмет көрсетеді. 2009 жылғы 25 ақпанда Атырау облысы әкімдігі мен «KATEV» халықаралық қоғамдық қоры арасында «Атырау облыстық дарынды балаларға арналған интернаттық мекемесі бар қазақ-түрік лицейі» мемлекеттік мекемесінің қызметі туралы №1 келісім-шарт жасалған. Сол жылдардан бері білім ордасы заман талабына сай  көптілді білім және тәрбие беруде. 2016 — 2017 оқу жылында 7 жоғары санатты, 5 бірінші санатты, 8 екінші санатты және 8 санатсыз, жалпы саны 28 мұғалім еңбек етуде.  Оқу тәрбие жұмысының үзіліссіз түрде жүргізілуін қамтамасыз ету үшін арнайы семинарлардан өткен 10 тәрбиеші жұмыс жасайды. Ағымдағы оқу жылында 10 сыныпта  249 оқушы білім алады.

Ашылған жылдан бері лицей шәкірттері республикалық және халықаралық түрлі пән олимпиадалары мен ғылыми  жобаларда 955 жүлделі орындарға ие болып келеді.

2015-2016 оқу жылында ҰБТ орташа бал көрсеткіші – 100 . Ұлттық бірыңғай тестілеуге 49 түлектің 36-сы қатысып, жалпы білім беретін пәндер бойынша халықаралық олимпиадалар мен ғылыми жобалар конкурстарының жеңімпаздары мен қатысушылары Ұлттық бірыңғай тестілеуді тапсырудан 7 оқушы босатылды. 32 мемлекеттік грант иегері болып, 9-ы Халықаралық Назарбаев университетінің студенті атанса, 15-і шетелдік оқу орындарына қабылданды. Қалғандары еліміздегі түрлі жоғарғы оқу орындарына түсті.

Атырау қазақ-түрік лицейі 2009 жылы Қазақстан мектептері арасында үздік 2-ші мектеп атанды.

Сонымен бірге, 2013 жылы Атырау облысы бойынша  ең үздік мектеп атағын иеленді.

2016 жылдың аяғында Қор басшылығының, қазақ-түрік лицейі білім алушыларының ата-аналар қауымдастығы, лицей директорларының шешімімен ҚТЛ атауына «ребрендинг» жасап, Қазақстан Республикасы Тәуелсіздігінің 25 жылдық мерейтойына орайластырып, атауын «Білім-инновация лицейі» деп өзгерту туралы шешім қабылданған болатын. Осыған орай, « Білім беру ұйымдары түрлерінің номенклатурасын бекіту туралы » Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрінің  2013 жылғы 22 ақпандағы №50 бұйрығына өзгерістер енгізу туралы Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрінің  міндетін атқарушының 2016 жылғы 29 желтоқсандағы №726 бұйрығы облыстардың әкімдіктеріне және білім беру ұйымдарының басшыларына жолданып, 2017 жылы 1 ақпанда Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрлігі мен «Білім-Инновация» Халықаралық қоғамдық қоры арасындағы «Қазақстан Республикасындағы «Білім-Инновация» лицейлерінің білім беру саласындағы ынтымақтастығы туралы » Меморандумға қол қойылды.